System jHIS posiada wbudowane mechanizmy komunikacji z systemem elektronicznej Weryfikacji Uprawnień Świadczeniobiorców (eWUŚ) służącym do weryfikacji ubezpieczenia pacjenta, systemem elektronicznych zleceń Zaopatrzenia w Wyroby Medyczne (eZMW) i systemem kolejek centralnych (AP-KOLCE) na podstawie numer PESEL pacjenta (lub jego opiekuna). Systemy te wymagają autoryzacji, dlatego dane do autoryzacji muszą zostać zapisane w systemie jHIS. Do zarządzania kontami przy pomocy których system jHIS będzie się autoryzował w eWUŚ/eZWM/AP-KOLCE służy funkcjonalność „Konta eWUŚ” w menu „Administracja”. Funkcjonalność umożliwia dodawanie, edycję, usuwanie i testowanie kont założonych wcześniej na portalu NFZ SZOI. Z każdego konta możliwe jest wykonanie 10000 zapytań dziennie (ograniczenie po stronie NFZ), w związku z czym jeśli przewidywana dzienna liczba zapytań jest większa należy do systemu jHIS wprowadzić dane odpowiednio większej ilości kont.

Po wybraniu funkcjonalności „Konta eWUŚ” wyświetla się wyszukiwarka umożliwiająca wyszukiwanie kont po loginie (wielkość liter nie ma znaczenia). Przy wyszukiwarce dostępny jest też przycisk, który wyświetla formularz dodawania nowego konta.

Po określeniu kryteriów wyszukiwania i naciśnięciu przycisku „Szukaj” wyświetla się lista wprowadzonych kont (o ile jakiekolwiek zostały wprowadzone). Przy każdym koncie dostępne są przyciski umożliwiające edycję i usunięcie konta a także przycisk umożliwiający przetestowanie czy konto funkcjonuje prawidłowo - po jego naciśnięciu wyświetlany jest stosowny komunikat informujący o statusie konta.

Przy edycji konta istnieje możliwość jego zablokowania. Jeżeli konto jest zablokowane system nie będzie korzystał z niego do autoryzacji w eWUŚ / eZWM / AP-KOLCE (do czasu aż konto zostanie odblokowane). W danych konta należy zaznaczyć do jakiego celu / jakich celów może być ono używane: weryfikacja ubezpieczeń pacjentów (eWUŚ), autoryzacja do eZWM, autoryzacja do APKOLCE.

Co 30 dni w NFZ SZOI wymaga jest zmiana haseł dla kont używanych do autoryzacji w eWUŚ/eZWM/AP-KOLCE. Zmieniając hasło w systemie NFZ SZOI należy pamiętać, aby zmienić je także w systemie jHIS. Jeżeli zbliża się termin wygasania hasła do konta eWUŚ/eZWM/APKOLCE, wówczas system jHIS wyświetla w nagłówku strony ikonkę ostrzeżenia (tylko dla administratora systemu) – po najechaniu kursorem myszy na tę ikonkę pojawia się szczegółowa informacja które hasła wygasają i za ile dni.