Założenia dotyczące funkcjonowania systemu jHIS:

• historia wszelkich zmian danych (z wyjątkiem danych słownikowych) jest rejestrowana
• dane są usuwane z bazy danych logicznie a nie fizycznie (usunięte dane są możliwe do odzyskania)
• dostęp do poszczególnych funkcjonalności aplikacji przez zalogowanego użytkownika zależy od posiadanych przez niego uprawnień zwanych rolami (rola jest zbiorem predefiniowanych przywilejów, z których każdy zapewnia dostęp do określonego elementu systemu)
• pola, których wypełnienie w formularzach jest obowiązkowe są otoczone niebieską obwódką
• system działa w oparciu o przeglądarkę internetową Mozilla Firefox oraz Google Chrome