System jHIS został zintegrowany w Krajowym Systemem e-Faktur (KSeF) w zakresie przekazywania faktur do KSeF i sprawdzania statusu ich przetwarzania tamże. 

Konfiguracja dostępu do KSeF odbywa się poprzez funkcjonalności "Administracja -> Konfiguracja" oraz "Administracja -> Struktura organizacyjna -> Opieka medyczna -> Zakład". Wysyłka plików XML z danymi faktur do KSeF odbywa się za pośrednictwem kolejki - pliki z danymi są wstawiane do kolejki, z której automat pobiera je i wysyła do KSeF, a po wysłaniu sprawdza status przetwarzania w KSeF. Obsługa kolejki odbywa się za pośrednictwem funkcjonalności "Rejestracja -> KSeF". Istnieje też możliwość wstawiania do kolejki faktur na etapie ich wystawiania (pola zaznaczenia "Wyślij do KSeF" w formularzach wystawiania faktur we wszystkich widokach w jHIS, przyciski "Wyślij do KSeF" na listach wystawionych faktur we wszystkich widokach w jHIS).

Z jHIS do KSeF przekazywane są dane faktur w postaci plików XML w strukturze logicznej FA(3). Pojedynczy plik XML zawiera dane pojedynczej faktury. Jeżeli plik XML jest poprawny, wówczas KSeF, po jego przetworzeniu, nadaje numer faktury w KSeF, który jest podstawową daną w wymianie informacji pomiędzy KSeF a jHIS. Jeżeli faktura pierwotna została przekazana do KSeF, wówczas przy przekazywaniu do KSeF faktury korygującej wymagane jest podanie w jej danych także numeru faktury pierwotnej w KSeF. KSeF dopuszcza jednak sytuację wystawienia faktury korygującej do faktury pierwotnej, nawet jeśli faktura pierwotna nie była w ogóle przekazywana do KSeF (np. faktura pierwotna wystawiona przed wejściem w życie obowiązku przekazywania do KSeF, faktura pierwotna wystawiona poza KSeF w trakcie całkowitej awarii KSeF). W takiej sytuacji nie istnieje i nie będzie istniał numer faktury pierwotnej w KSeF. System jHIS automatycznie wstawia numer faktury pierwotnej w KSeF do danych faktury korygującej, pod warunkiem, że numer ten jest dla systemu jHIS znany. W związku z powyższym konieczna jest duża doza ostrożności przy wystawianiu i wysyłaniu faktur korygujących do KSeF. Należy konsekwentnie stosować następującą zasadę: fakturę korygującą można wystawić i wysłać do KSeF dopiero po zakończeniu przetwarzania przez KSeF faktury pierwotnej (o ile faktura pierwotna została przekazana do KSeF). jHIS nie jest w stanie w żaden sposób zablokować wystawienia ani wysłania do KSeF faktury korygującej, jeśli faktura pierwotna nie została wysłana do KSeF, ponieważ nie jest w stanie stwierdzić czy faktura pierwotna nie została wysłana, ponieważ nikt jeszcze nie zażądał jej wysyłki (a więc może za chwilę to zrobi i faktura zostanie wysłana), czy może nie została wysłana z powodu awarii KSeF (i nie zostanie już wysłana). Jeśli faktura pierwotna nie została wysłana do KSeF (z jakichkolwiek powodów), a do KSeF zostanie wysłana faktura korygująca, to faktury pierwotnej do KSeF nie będzie możliwości już dosłać!