Funkcjonalność "Faktury własne" z menu "Rejestracja" służy do wystawiania dowolnych faktur w systemie. Po wybraniu tej funkcjonalności wyświetla się lista wystawionych faktur a przy każdej z nich przyciski "Zobacz", "Edytuj", "Usuń". Pod listą wystawionych faktur widoczny jest przycisk "Wystaw".

Aby wystawić fakturę należy kliknąć przycisk "Wystaw". Wyświetli się wówczas formularz danych do faktury. Pola posiadające wartości domyślne, zdefiniowane w konfiguracji systemu jHIS, są od razu wypełnione. Adresatem faktury może być dowolny podmiot, w szczególności pacjent lub instytucja zarejestrowane w systemie jHIS. Aby ułatwić wprowadzanie danych do faktury w takich przypadkach, należy skorzystać z jednego z pól wyróżnionych kolorem pomarańczowym: albo dla pacjenta albo dla instytucji. Wprowadzając w takim polu w przypadku pacjenta początek imienia/nazwiska, jego numer PESEL lub datę urodzenia a w przypadku instytucji początek jej nazwy wyświetli się lista podpowiedzi. Po kliknięciu odpowiedniego pacjenta / instytucji na liście podpowiedzi, dane nabywcy w formularzu wystawiania faktury zostaną automatycznie uzupełnione. Na fakturze może znajdować się dowolna liczba pozycji. Jednej pozycji odpowiada jeden wiersz na dole formularza. Każde kliknięcie przycisku "Więcej pozycji" powoduje wyświetlenie kolejnego wiersza umożliwiając wprowadzenie kolejnej pozycji. Wiersze puste są przy zapisie ignorowane. Na końcu każdego wiersza widoczna jest ikonka kosza, której kliknięcie powoduje wyczyszczenie zawartości danego wiersza. Ceny brutto są automatycznie wyliczane z cen netto stosownie do wybranej stawki VAT.

Po wypełnieniu formularza należy kliknąć przycisk "Wystaw fakturę". System automatycznie nada fakturze numer zgodnie z zasadami numeracji stosowanymi przy wystawianiu faktur w kartach pacjentów. O powodzeniu operacji system informuje stosownym komunikatem przy którym wyświetla odnośnik umożliwiający pobranie faktury. Zawsze też można zobaczyć / pobrać / wydrukować fakturę klikając przycisk "Zobacz" przy danej fakturze na liście wystawionych faktur.

Jeżeli przy wystawianiu faktury doszło do pomyłki, wówczas można dokonać stosownych poprawek klikając przycisk "Edytuj" przy danej fakturze na liście wystawionych faktur. Wyświetli się wówczas formularz faktury identyczny jak w przypadku wystawiania nowej faktury, z tym że wypełniony danymi. Po naniesieniu poprawek należy dane zapisać klikając przycisk "Zapisz zmiany".

Jeżeli faktura została wystawiona przez pomyłkę, wówczas można ją usunąć klikając przycisk "Usuń" przy danej fakturze na liście wystawionych faktur i potwierdzając zamiar przyciskiem OK w monicie jaki się pojawi.