Funkcjonalność "Faktury własne" z menu "Rejestracja" służy do wystawiania dowolnych faktur w systemie. Po wybraniu tej funkcjonalności wyświetla się lista wystawionych faktur a przy każdej z nich zestaw przycisków uzależniony od tego czy istnieje korekta do faktury. Jeżeli korekta nie istnieje, wówczas widoczne są przyciski "Zobacz fakturę", "Edytuj fakturę", "Usuń fakturę", "Wystaw korektę". Jeżeli korekta została wystawiona, wówczas widoczne są przyciski "Zobacz fakturę", "Zobacz korektę", "Edytuj korektę", 'Usuń korektę". Dla rozróżnienia przyciski dla faktur mają niebieskie tło a dla korekt zielone. Pod listą wystawionych faktur widoczny jest przycisk "Wystaw fakturę".

Aby wystawić fakturę należy kliknąć przycisk "Wystaw fakturę". Wyświetli się wówczas formularz danych do faktury. Pola posiadające wartości domyślne, zdefiniowane w konfiguracji systemu jHIS, są od razu wypełnione. Adresatem faktury może być dowolny podmiot, w szczególności pacjent lub instytucja zarejestrowane w systemie jHIS. Aby ułatwić wprowadzanie danych do faktury w takich przypadkach, należy skorzystać z jednego z pól wyróżnionych kolorem pomarańczowym: albo dla pacjenta albo dla instytucji. Wprowadzając w takim polu w przypadku pacjenta początek imienia/nazwiska, jego numer PESEL lub datę urodzenia a w przypadku instytucji początek jej nazwy wyświetli się lista podpowiedzi. Po kliknięciu odpowiedniego pacjenta / instytucji na liście podpowiedzi, dane nabywcy w formularzu wystawiania faktury zostaną automatycznie uzupełnione. Na fakturze może znajdować się dowolna liczba pozycji. Jednej pozycji odpowiada jeden wiersz na dole formularza. Każde kliknięcie przycisku "Więcej pozycji" powoduje wyświetlenie kolejnego wiersza umożliwiając wprowadzenie kolejnej pozycji. Wiersze puste są przy zapisie ignorowane. Na końcu każdego wiersza widoczna jest ikonka kosza, której kliknięcie powoduje wyczyszczenie zawartości danego wiersza. Ceny brutto są automatycznie wyliczane z cen netto stosownie do wybranej stawki VAT.

Po wypełnieniu formularza należy kliknąć przycisk "Wystaw fakturę". System automatycznie nada fakturze numer zgodnie z zasadami numeracji stosowanymi przy wystawianiu faktur w kartach pacjentów. O powodzeniu operacji system informuje stosownym komunikatem przy którym wyświetla odnośnik umożliwiający pobranie faktury. Zawsze też można zobaczyć / pobrać / wydrukować fakturę klikając przycisk "Zobacz fakturę" przy danej fakturze na liście wystawionych faktur.

Jeżeli przy wystawianiu faktury doszło do pomyłki, wówczas można dokonać stosownych poprawek klikając przycisk "Edytuj fakturę" przy danej fakturze na liście wystawionych faktur. Wyświetli się wówczas formularz faktury identyczny jak w przypadku wystawiania nowej faktury, z tym że wypełniony danymi. Po naniesieniu poprawek należy dane zapisać klikając przycisk "Zapisz zmiany".

Jeżeli faktura została wystawiona przez pomyłkę, wówczas można ją usunąć klikając przycisk "Usuń fakturę" przy danej fakturze na liście wystawionych faktur i potwierdzając zamiar przyciskiem OK w monicie jaki się pojawi.

Aby wystawić korektę do faktury należy kliknąć przycisk "Wystaw korektę" przy danej fakturze na liście. Wyświetli się wówczas formularz wystawiania korekty. Dane nabywcy, odbiorcy i dostawcy są wypełnione wartościami pobranymi z faktury, dla której wystawiana jest korekta. Ponieważ korekta może dotyczyć wyłącznie pozycji znajdujących się na fakturze, dlatego też w dolnej części formularza widoczna jest lista pozycji z faktury. Dane pozycji są wyświetlane w trybie tylko do odczytu z dodatkowym polem do wpisania ilości po korekcie. Jeżeli dana pozycja nie powinna zostać ujęta w korekcie, pole ilości po korekcie należy pozostawić przy niej puste.

Po wypełnieniu formularza należy kliknąć przycisk "Wystaw korektę". Edycja danych korekty i usuwanie korekty w przypadku pomyłki odbywa się analogicznie jak w przypadku faktury pierwotnej poprzez użycie przycisków "Edytuj korektę" i "Usuń korektę" odpowiednio.