Funkcjonalność "KSeF" z menu "Rejestracja" służy do obsługi kolejki faktur oczekujących na wysyłkę do KSeF a także wglądu do faktur już przekazanych do KSeF. po wybraniu tej funkcjonalności wyświetla się tam pięć zakładek:

• Wysyłka do KSeF – kolejka faktur już przekazanych i jeszcze nie przekazanych do KSeF z informacjami z poszczególnych etapów przetwarzania faktur; najświeższe faktury są wyświetlane jako pierwsze, a im starsze tym są dalej na liście
• Faktury pacjentów – faktury z zakładki „Płatności” w kartach pacjentów, które mogą być wysłane do KSeF, a dla których użytkownik jeszcze nie zażądał wysyłki do KSeF
• Faktury do paragonów pacjentów – faktury do paragonów z zakładki „Płatności” w kartach pacjentów, które mogą być wysłane do KSeF, a dla których użytkownik jeszcze nie zażądał wysyłki do KSeF
• Faktury własne – faktury własne, które mogą być wysłane do KSeF, a dla których użytkownik jeszcze nie zażądał wysyłki do KSeF
• Faktury dla NFZ – faktury dla NFZ, które teoretycznie mogą być wysłane do KSeF, a dla których użytkownik jeszcze nie zażądał wysyłki do KSeF (teoretycznie - ponieważ przed wysyłką powinny zostać zweryfikowane w SZOI co pozostaje w gestii użytkownika)

Lista faktur wyświetlanych w zakładce „Wysyłka do KSeF” ma cztery kolumny:

• Dokument w jHIS – podstawowe dane wystawionej faktury i przycisk jej podglądu w PDF; daty wystawienia są podświetlane kolorami: zielona – dzisiejsza, pomarańczowa – wczorajsza (dla takiej faktury wysyłka do KSeF będzie realizowana w trybie offline), czerwona – starsza niż wczorajsza (dla takiej faktury wysyłka do KSeF będzie realizowana w trybie offline po awarii KSeF lub żądanie jest przeterminowane i niemożliwe do wysyłki)
• Żądanie wysyłki – podstawowe dane żądania wysyłki faktury do KSeF (termin wygenerowania żądania wysyłki i jego identyfikator) oraz przycisk podglądu XML z danymi faktury, przycisk pobrania XML z danymi faktury (np. do ręcznego wgrania do KSeF), przycisk wizualizacji faktury z użyciem transformaty udostępnionej przez Ministerstwo Finansów (do wydruku na papierze w formacie A4 poziomo), przycisk pobrania i wydrukowania informacji o fakturze z kodem/kodami QR w formie PDF
• Wysyłka – termin i tryb dokonania wysyłki (jeśli już jej dokonano), przycisk wysyłki do KSeF na żądanie (jeśli jeszcze nie dokonano wysyłki), przycisk inicjujący ręczną obsługę (jeśli jeszcze nie dokonano wysyłki), przycisk wykluczający fakturę z wysyłki do KSeF (np. w sytuacji przewidzianej przepisami związanej z całkowitą awarią KSeF), przycisk podglądu szczegółów odpowiedzi w formacie JSON zwróconej przez KSeF podczas wysyłki (jeśli dokonano wysyłki automatycznie), przycisk podglądu szczegółów błędu (jeśli taki wystąpił podczas próby automatycznej wysyłki)
• Przetwarzanie – aktualny status przetwarzania pliku XML z danymi faktury (z wyróżnieniem tła odpowiednim kolorem), przycisk sprawdzania na żądanie stanu faktury w KSeF (jeśli przetwarzanie w KSeF jeszcze się nie zakończyło), przycisk podglądu szczegółów odpowiedziw formacie JSON zwróconej przez KSeF podczas ostatniej sprawdzenia statusu przetwarzania, przycisk podglądu szczegółów błędu (jeśli taki wystąpił podczas ostatniej próby sprawdzenia statusu przetwarzania)
• Dokument w KSeF – numer faktury w KSeF (jeśli została już przyjęta w KSeF), zaś w trybie ręcznym pole do wprowadzenia numeru faktury w KSeF, przycisk podglądu / pobrania UPO, informacyjnie numer w KSeF faktury korygowanej

Zasadniczo cały proces wysyłki faktur z kolejki do KSeF jest realizowany automatycznie (za wyjątkiem faktur, dla których ostatnia próba wysyłki zakończyła się niepowodzeniem – te mogą wymagać ręcznej interwencji). Jeśli zachodzi potrzeba natychmiastowego wysłania faktury do KSeF, bez oczekiwania aż zrobi to automat, lub jeśli ostatnia próba wysyłki zakończyła się niepowodzeniem, wówczas należy kliknąć przycisk „Wyślij teraz”. Jeśli z jakichś powodów wysyłka byłaby niemożliwa, pozostaje opcja ręcznego wgrania faktury do KSeF. Mechanizm postępowania w takim przypadku jest następujący:

1. Kliknąć przycisk „Pobierz XML” i zapisać na dysk plik XML z danymi faktury.
2. Kliknąć przycisk „Obsługa ręczna”. UWAGA! Jeśli przełączenie w tryb ręczny będzie możliwe, to w kolumnie pojawi się tryb „MANUAL” i stan zmieni się na „wysłana” a w kolumnie „Dokument w KSeF” pojawi się pole tekstowe do wprowadzenia numeru w KSeF – tylko w takiej sytuacji można będzie wgrać plik z punktu 1 do KSeF. Gdyby się zdarzyło, że po kliknięciu przycisku „Obsługa ręczna” nie stanie się tak jak wyżej, to nie wolno ręcznie wgrywać pliku XML do KSeF, ponieważ może się okazać, że w międzyczasie wysyłka pliku do KSeF nastąpiła automatycznie.
3. Zalogować się do KSeF przez https://ap.ksef.mf.gov.pl/web/
4. Z menu po lewej stronie wybrać „Faktury → Wczytaj fakturę”.
5. Kliknąć „Dodaj plik” i wskazać plik na dysku (z punktu 1).
6. Jeśli wyświetli się informacja że nie ma błędów, kliknąć „Wystaw fakturę”, a jeśli pojawi się informacja że są błędy, kliknąć „Usuń” (problematyczny plik XML będzie wymagał analizy i usunięcia przyczyny problemu).
7. Zaczekać aż KSeF przetworzy fakturę (ponawiać klikanie odnośnika „Odśwież” dopóki KSeF nie zakończy przetwarzania faktury).
8. Gdy w KSeF fakturze zostanie nadany numer, skopiować go, wkleić do pola przeznaczonego na ten numer widocznego w kolumnie „Dokument w KSeF” w jHIS i zapisać. 

Jeśli została ogłoszona całkowita awaria KSeF, wówczas, zgodnie z przepisami przepisów, faktura oczekująca na wysyłkę nie będzie przesyłana do KSeF. W takiej sytuacji należy kliknąć przycisk „Obsługa poza KSeF”. Jest to o tyle istotne, że po ewentualnym ustąpieniu awarii, system jHIS, odzyskawszy połączenie z KSeF, będzie próbował wysyłać zaległe faktury z kolejki, także te, które nie powinny tam trafić, a przy których nie kliknięto przycisku „Obsługa poza KSeF”. Z przycisku "Obsługa poza KSeF" można skorzystać także w sytuacji, gdy omyłkowo wstawiono do kolejki fakturę B2C (przekazywanie takich faktur do KSeF jest dobrowolne).

Podobnie jak wysyłka do KSeF, tak też i sprawdzanie stanu przetwarzania faktury wysłanej do KSeF odbywa się automatycznie. Jeśli z jakichkolwiek powodów zaszła by potrzeba natychmiastowego sprawdzenia stanu przetwarzanej faktury w KSeF, wówczas wystarczy kliknąć przycisk „Stan w KSeF”. Istnieją następujące stany przetwarzania faktur:

• jeszcze nie przetworzono - faktura oczekuje na wysyłkę do KSeF
• wysłana - faktura w trakcie wysyłki automatycznej lub w trakcie ręcznego wgrywania do KSeF
• w trakcie przetwarzania - faktura w trakcie przetwarzania w KSeF
• przetwarzanie przerwane - faktura nie przyjęta do KSeF z powodu błędów
• przyjęta - faktura przyjęta do KSeF (nadano numer faktury w KSeF)
• obsłużona poza KSeF - faktura nie przekazywana do KSeF, obsłużona poza KSeF

Jeżeli faktura została przyjęta do KSeF, wówczas istnieje możliwość pobrania / podglądu jej UPO. Jest to plik w formacie XML. Pliki UPO są zapisywane w bazie danych systemu jHIS, a więc są dostępne nawet w przypadku niedostępności KSeF.

Jeżeli nabywca oczekuje potwierdzenia wystawienia faktury w KSeF, wówczas należy skorzystać z przycisku "Kod(y) QR" w celu pobrania i wydrukowania lub przesłania pliku PDF z kodem lub kodami QR. Jeżeli faktura ma już nadany numer w KSeF, wówczas druk informacyjny będzie zawierał jeden kod QR odpowiadający fakturze. Jeśli faktura nie ma jeszcze nadanego numeru w KSeF, wówczas druk informacyjny będzie zawierał dwa kody QR - jeden odpowiadający fakturze, drugi odpowiadający certyfikatowi jej wystawcy.

W zakładkach „Faktury pacjentów”, „Faktury do paragonów pacjentów, „Faktury własne”, „Faktury dla NFZ”, widoczne są listy faktur z przyciskami podglądu i przyciskami „Wyślij do KSeF”. Po kliknięciu tego ostatniego faktura jest przenoszona do zakładki „Wysyłka do KSeF”, czyli trafia do kolejki, z której zostanie pobrana i przekazana do KSeF. We wspomnianych wyświetlają się wszystkie faktury wystawione od dnia wejścia w życie obowiązku wysyłki do KSeF tj. od 1 kwietnia 2026, dla których jeszcze nie zażądano wysyłki do KSeF.

Pod zakładkami widoczny jest przycisk „Wstrzymaj komunikację z KSeF” / „Wznów komunikację z KSeF”, gdyby z jakichś przyczyn konieczne było zatrzymanie działania automatu wysyłającego do KSeF pliki XML z danymi faktur z kolejki.