System jHIS został zintegrowany ze skanerem za pośrednictwem serwera FTP. Serwer FTP musi być uruchomiony na tej samej maszynie co system jHIS. Skaner musi posiadać możliwość skanowania do FTP oraz nadawania własnej nazwy pliku. W skanerze należy skonfigurować skanowanie do FTP wskazując adres serwer FTP, login i hasło użytkownika oraz ścieżkę do katalogu na serwerze FTP gdzie mają być składowane skany. Skanując dokument należy nadać mu nazwę, której pierwsze jedenaście znaków stanowi numer PESEL pacjenta, do którego dany dokument się odnosi, kolejny znak/znaki, następujące bezpośrednio po numerze PESEL (bez separatora), to kod przeznaczenia dokumentu (np. 53121927648H). Skanowane dokumenty są zapisywane do zakładki "Historia" w karcie pacjenta. Aby taki zapis był możliwy, w słowniku rodzajów informacji w historii pacjenta musi istnieć rodzaj informacji z wypełnionym polem "Zapisuj skany z tym kodem do historii pacjenta z tym rodzajem informacji" - kod wpisany w tym polu musi być zgodny z kodem przeznaczenia wpisanym w nazwie skanu (wielkość liter nie ma znaczenia). Skany o nazwach nadanych według opisanego schematu (np. 53121927648H) są automatycznie importowane z FTP przez system jHIS (i usuwane z FTP!). Skany, które z jakichś przyczyn nie zostały zaimportowane (nazwa niezgodna ze schematem, brak pacjenta o danym numerze PESEL, itp.) są dostępne po wybraniu z menu "Rejestracja" funkcjonalności "Skaner" - istnieje tam możliwość podglądu, poprawiania nazw oraz usuwania skanów.