Funkcjonalność „E-Faktury (EFX)” służy do generowania plików EFX z elektronicznymi fakturami do przekazania do systemu NFZ SZOI. Po wybraniu tej funkcjonalności wyświetla się lista umów z NFZ. Umowy podzielone są na lata (umowy z kolejnych lat dostępne są w oddzielnych zakładkach). Poniżej listy umów widoczny jest przycisk „Faktura bez umowy” umożliwiający wystawienie faktury z dowolnymi pozycjami i z NFZ jako odbiorcą.

Przy każdej umowie widoczny jest przycisk „Wybierz”, którego naciśnięcie wyświetla formularz parametrów tworzonego pliku EFX. W formularzu określa się datę utworzenia komunikatu, wskazuje właściwy szablon rachunku (plik ZRZ) pobrany z systemu NFZ SZOI i wczytany wcześniej do systemu jHIS (przy szablonach, dla których wystawiono już dokument elektroniczny umieszczony jest znak ®), podaje numer dokumentu a w przypadku korekt wskazuje także dokument korygowany. Kod PKWiU oraz podstawa prawna są domyślnie wypełnione, ale można je zmodyfikować.

W przypadku umów, dla których NFZ nie udostępnia szablonów rachunków, zamiast wskazywania szablonu rachunku należy zaznaczyć pole „dokument bez szablonu”. W formularzu wyświetli się wówczas sekcja pozycji dokumentu, w której należy podać rok i miesiąc za jaki generowane jest rozliczenie oraz ilości poszczególnych pozycji. W przypadku wystawiania korekty w polach ilości należy wpisać wartości jakie powinny być po korekcie. Pozostałe dane należy uzupełnić w taki sam sposób jak w przypadku wystawiania dokumentu z szablonem.

Po wypełnieniu formularza i naciśnięciu przycisku „Generuj” tworzony jest plik EFX z elektroniczną fakturą a nad formularzem wyświetlają się odnośniki umożliwiające pobranie utworzonego pliku EFX oraz pliku PDF z fakturą do wydruku. Utworzony plik EFX należy pobrać klikając na odnośnik, zapisać na dysku i przekazać do systemu NFZ SZOI.

Aby wystawić fakturę nie powiązaną z żadną umową z NFZ, należy kliknąć przycisk „Faktura bez umowy” widoczny pod listą umów. Wyświetli się wówczas formularz wystawiania faktury. Każda pozycja faktury to zestaw czterech danych: unikalnego kodu produktu, nazwy produktu, ceny jednostkowej i ilości jednostek. W formularzu domyślnie wyświetla się jeden wiersz umożliwiający wprowadzenie jednej pozycji faktury. Aby wprowadzić więcej pozycji należy kliknąć przycisk „Więcej pozycji” - każde jego kliknięcie powoduje wyświetlenie dodatkowego wiersza na dane kolejnej pozycji. Pozycje bez podanej ilości jednostek zostaną zignorowane przy generowaniu faktury. W formularzu istnieje również możliwość wyboru predefiniowanego zestawu pozycji faktury – po jego wybraniu system automatycznie wyświetla pozycje faktury z danego zestawu pozostawiając użytkownikowi wpisanie jedyni liczby jednostek.

Po wypełnieniu formularza i kliknięciu przycisku „Generuj” tworzona jest faktura a nad formularzem wyświetlany jest odnośnik umożliwiający jej pobranie (w formacie PDF) i wydrukowanie.