Funkcjonalność „Rachunki i faktury (RFX)” służy do generowania plików RFX z rachunkami do przekazania do systemu NFZ SZOI oraz drukowania faktur odpowiadających tym rachunkom do przekazania do NFZ w formie papierowej. Po wybraniu tej funkcjonalności wyświetla się lista umów z NFZ. Umowy podzielone są na lata (umowy z kolejnych lat dostępne są w oddzielnych zakładkach).

Przy każdej umowie widoczny jest przycisk „Wybierz”, którego naciśnięcie wyświetla formularz parametrów tworzonego pliku RFX. W formularzu określa się datę utworzenia komunikatu, wskazuje szablon rachunku (plik ZRZ) pobrany z systemu NFZ SZOI i wczytany wcześniej do systemu jHIS (przy szablonach dla których wystawiono już rachunek umieszczony jest znak ®), podaje numer dokumentu a w przypadku korekt wskazuje także dokument korygowany. Kod PKWiU oraz podstawa prawna są domyślnie wypełnione, ale można je zmodyfikować.

Po wypełnieniu formularza i naciśnięciu przycisku „Generuj” tworzony jest plik RFX z rachunkiem a nad formularzem wyświetla się odnośnik umożliwiający pobranie utworzonego pliku RFX oraz odnośnik umożliwiający pobranie i wydrukowanie faktury odpowiadającej plikowi RFX (faktura ma format PDF).

Utworzony plik RFX należy pobrać klikając na odnośnik, zapisać na dysku i przekazać do systemu NFZ SZOI, a fakturę pobrać klikając na odnośnik, wydrukować i przekazać do NFZ w formie papierowej.

Analogicznie wystawia się rachunki i faktury korygujące. W formularzu należy wówczas wybrać szablon korygujący oraz wskazać dokument korygowany.

Po wypełnieniu formularza i naciśnięciu przycisku „Generuj” tworzony jest plik RFX z rachunkiem korygującym a nad formularzem wyświetla się odnośnik umożliwiający pobranie utworzonego pliku RFX, a ponadto odnośnik umożliwiający pobranie i wydrukowanie faktury korygującej odpowiadającej plikowi RFX (faktura ma format PDF).

Utworzony plik RFX należy pobrać klikając na odnośnik, zapisać na dysku i przekazać do systemu NFZ SZOI, a fakturę pobrać klikając na odnośnik, wydrukować i przekazać do NFZ w formie papierowej.

Faktury w formacie PDF są składowane w systemie jHIS i dostępne do pobrania po wybraniu funkcjonalności „Rachunki i faktury (RFX)” z podmenu „Dane”.