Funkcjonalność „E-Rachunki (ERX)” służy do generowania plików ERX z elektronicznymi rachunkami do przekazania do systemu NFZ SZOI. Po wybraniu tej funkcjonalności wyświetla się lista umów z NFZ. Umowy podzielone są na lata (umowy z kolejnych lat dostępne są w oddzielnych zakładkach).

Przy każdej umowie widoczny jest przycisk „Wybierz”, którego naciśnięcie wyświetla formularz parametrów tworzonego pliku ERX. W formularzu określa się datę utworzenia komunikatu, wskazuje właściwy szablon rachunku (plik ZRZ) pobrany z systemu NFZ SZOI i wczytany wcześniej do systemu jHIS (przy szablonach, dla których wystawiono już dokument elektroniczny umieszczony jest znak ®), podaje numer dokumentu a w przypadku korekt wskazuje także dokument korygowany. Kod PKWiU oraz podstawa prawna są domyślnie wypełnione, ale można je zmodyfikować.

W przypadku umów, dla których NFZ nie udostępnia szablonów rachunków, zamiast wskazywania szablonu rachunku należy zaznaczyć pole „dokument bez szablonu”. W formularzu wyświetli się wówczas sekcja pozycji dokumentu, w której należy podać rok i miesiąc za jaki generowane jest rozliczenie oraz ilości poszczególnych pozycji. Pozostałe dane należy uzupełnić w taki sam sposób jak w przypadku wystawiania dokumentu z szablonem.

Po wypełnieniu formularza i naciśnięciu przycisku „Generuj” tworzony jest plik ERX z elektronicznym rachunkiem a nad formularzem wyświetla się odnośnik umożliwiający pobranie utworzonego pliku ERX. Utworzony plik ERX należy pobrać klikając na odnośnik, zapisać na dysku i przekazać do systemu NFZ SZOI.